« Comment ça va » ou en version plus polie « comment allez-vous » est simple d’explication mais ses origines sont très incertaines. Selon certaines interprétations, cette expression serait tout simplement un raccourci de
« comment allez-vous à la selle » ?
Selon les historiens rien n’est sur de l’interprétation mais ce serait en tous les cas la seule existante. Cette question est à l’origine posée pour
s’enquérir sur un point particulier à nos vieux pour savoir s’ils ont déféqué.
En effet, la question posée aurait trait à la santé de l’interlocuteur et aurait vu le jour à la fin du moyen-âge avec l’introduction de la médecine grand-public. Or en cette période, l’indicateur essentiel de santé était principalement les selles.
A ce titre, « comment ça va » va renvoyer directement à la consistance et l’odeur de la défection de l’interlocuteur.
En tous les cas, la version anglo-saxonne de « comment ça va » est « how do you do » se traduisant comment fais-tu sous-entendant « aux toilettes »
Source :
http://www.expressions-francaises.fr/expressions-c/3424-comment-ca-va.html